文献常识
本文是LivresLibres系列文档的一部分。它的目标受众是对化学相关科研工作感兴趣、但缺乏相关经验、也无人指导的初学者，特别包括爱好者、跨行的学生、欠发达国家的工作者等。在本文档中，我们会介绍从事科学研究所必备的关于期刊、文献的常识及核心文献检索技能。
本文欢迎转发，但必须标注出处。
期刊常识
出版社和期刊
科学研究中使用的资料包括期刊论文、书籍、网页、开源程序等，其中期刊论文是我们日常打交道的最重要对象。化学领域常见的期刊出版社有位于美国的American Chemical Society (ACS)、位于英国的Royal Society of Chemistry (RSC)、位于欧洲的Wiley和Elsevier、以及Nature和Science Publishing Group等，各自经营覆盖不同门类的期刊。
在当今的学术共同体行为范式下，大部分研究论文都会谋求在期刊上发表，期刊出版社和编辑部承担了学术研究的指挥棒角色，许多研究工作者以将工作发表在流行的期刊上为荣。各家出版公司以高度商业化的方式运行，通过向读者或订阅机构收取高额订阅费、并在部分期刊中向作者收取高额版面费的方式获取利润。为了最大化其盈利，各出版公司都会设计相当复杂多样的出版物阵列，以覆盖不同定位的研究论文。截止2025年，ACS旗下期刊包括：
- Accounts of Chemical Research
Accounts of Materials Research
ACS Agricultural Science & Technology
ACS Applied Bio Materials
ACS Applied Electronic Materials
ACS Applied Energy Materials
ACS Applied Engineering Materials
ACS Applied Materials & Interfaces
ACS Applied Nano Materials
ACS Applied Optical Materials
ACS Applied Polymer Materials
ACS Bio & Med Chem Au
ACS Biomaterials Science & Engineering
ACS Catalysis
ACS Central Science
ACS Chemical Biology
ACS Chemical Health & Safety
ACS Chemical Neuroscience
ACS Earth and Space Chemistry
ACS Electrochemistry
ACS Energy Letters
ACS Engineering Au
ACS Environmental Au
ACS ES&T Air
ACS ES&T Engineering
ACS ES&T Water
ACS Food Science & Technology
ACS Guide to Scholarly Communication
ACS In Focus
ACS Infectious Diseases
ACS Macro Letters
ACS Materials Au
ACS Materials Letters
ACS Measurement Science Au
ACS Medicinal Chemistry Letters
ACS Nano
ACS Nano Medicine
ACS Nanoscience Au
ACS Omega
ACS Organic & Inorganic Au
ACS Pharmacology & Translational Science
ACS Photonics
ACS Physical Chemistry Au
ACS Polymers Au
ACS Reagent Chemicals
ACS Sensors
ACS Sustainable Chemistry & Engineering
ACS Sustainable Resource Management
ACS Symposium Series
ACS Synthetic Biology
Advances in Chemistry
Analytical Chemistry
Artificial Photosynthesis
Biochemistry
Bioconjugate Chemistry
Biomacromolecules
C&EN Global Enterprise
Chem & Bio Engineering
Chemical & Biomedical Imaging
Chemical Research in Toxicology
Chemical Reviews
Chemistry of Materials
Crystal Growth & Design
Energy & Fuels
Environment & Health
Environmental Science & Technology
Environmental Science & Technology Letters
Industrial & Engineering Chemistry Research
Inorganic Chemistry
JACS Au
Journal of Agricultural and Food Chemistry
Journal of Chemical & Engineering Data
Journal of Chemical Education
Journal of Chemical Information and Modeling
Journal of Chemical Theory and Computation
Journal of Medicinal Chemistry
Journal of Natural Products
The Journal of Organic Chemistry
The Journal of Physical Chemistry A
The Journal of Physical Chemistry B
The Journal of Physical Chemistry C
The Journal of Physical Chemistry Letters
Journal of Proteome Research
Journal of the American Chemical Society
Journal of the American Society for Mass Spectrometry
Langmuir
Macromolecules
Medicinal Chemistry Reviews
Molecular Pharmaceutics
Nano Letters
Organic Letters
Organic Process Research & Development
Organometallics
Photon Science
Polymer Science & Technology
Precision Chemistry
RSC旗下期刊包括：
- Analyst
Analytical Methods
Biomaterials Science
Catalysis Science & Technology
Chemical Communications
Chemical Science
Chemical Society Reviews
Chemistry Education Research and Practice
CrystEngComm
Dalton Transactions
Digital Discovery
EES Batteries
EES Catalysis
EES Solar
Energy & Environmental Science
Energy Advances
Environmental Science: Advances
Environmental Science: Atmospheres
Environmental Science: Nano
Environmental Science: Processes & Impacts
Environmental Science: Water Research & Technology
Faraday Discussions
Food & Function
Green Chemistry
Industrial Chemistry & Materials
Inorganic Chemistry Frontiers
Journal of Analytical Atomic Spectrometry
Journal of Materials Chemistry A
Journal of Materials Chemistry B
Journal of Materials Chemistry C
Lab on a Chip
Materials Advances
Materials Chemistry Frontiers
Materials Horizons
Molecular Omics
Molecular Systems Design & Engineering
Nanoscale
Nanoscale Advances
Nanoscale Horizons
Natural Product Reports
New Journal of Chemistry
Organic & Biomolecular Chemistry
Organic Chemistry Frontiers
Physical Chemistry Chemical Physics
Polymer Chemistry
Reaction Chemistry & Engineering
RSC Advances
RSC Applied Interfaces
RSC Applied Polymers
RSC Chemical Biology
RSC Mechanochemistry
RSC Medicinal Chemistry
RSC Pharmaceutics
RSC Sustainability
Sensors & Diagnostics
Soft Matter
Sustainable Energy & Fuels
Sustainable Food Technology
Wiley、Elsevier等旗下期刊更是数不胜数。
这些期刊可以按照内容定位分为综合性期刊和领域性期刊。综合性期刊收罗各种符合“wide interest”标准的研究成果，不限领域。各出版社都会有一些综合性期刊作为旗舰期刊，例如ACS的Journal of the American Chemical Society (JACS)，RSC的Chemical Science，Wiley的Angewandte Chemie（Angew），Cell出版社的Chem等。综合性期刊远不止这些，例如ACS还有JACS Au, RSC有Chemical Communications, RSC Advances，Wiley有Chemistry - A European Journal等。领域性期刊与之相反，专注于收录某个子领域的工作。以下是一些风评较好的领域性期刊：
有机化学：The Journal of Organic Chemistry (JOC); Organic Letters (OL); Organic & Biomolecular Chemistry (OBC); Organic Chemistry Frontiers (OCF); Dalton Transactions; Organometallics等；
无机化学：Dalton Transactions; Inorganic Chemistry等；
材料化学：Advanced Materials及其姐妹刊物；Nano Letters; Nanoscale; ACS Nano等；
物理化学：The Journal of Physical Chemistry （JPC, AC是根据领域细分的子期刊）；Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP); ChemPhysChem (CPC)； Chemical Physics Letters （CPL）等。
Nature和Science Publishing Group分别以Nature和Science（被称为“正刊”）作为领衔期刊而闻名于世，此外还推出了各种覆盖专项领域或承担不同定位功能的子刊，如Nature Chemistry, Nature Energy, Nature Synthesis, Nature Methods等专门刊载特定领域的子刊，以及Nature Communications, Science Advances等用于收纳无法被正刊录用的论文的综合性子刊。
期刊内可能收录多种文章体裁。常见的有以下几种：Communications（或称Letters），用于以较短（几百个字）篇幅快速报道满足”紧迫性“要求的”重要“结果；Article，篇幅不限，用于报道一个完整的研究；Review（或JACS称作Perspective），用于综述一个领域，追求全面阐述领域内各项代表工作。有的期刊还会有读者来信、评论文章等。
为了衡量一个期刊的好坏、是否值得投，人们想出了许多方式，影响因子（Impact Factor）是一个代表性的例子。影响因子的定义是近两年来期刊中每篇文章的平均被引量。一个训练有素的科学工作者会通过仔细阅读期刊中的文章的方式对期刊的平均水平进行判断，但人们总是喜欢一个直观的、不必进行思辨的结论，因此影响因子被一些头脑简单的人当作了判断期刊好坏的主要指标。这一指数可以通过选择性收录有名人的工作、向热门领域有意识倾斜、多收录综述文章等方式加以操纵。将期刊的好坏用一个数字来描述极大加速了科学研究的商业化和泡沫化，对学术共同体的发展带来了极大的伤害。
科学工作者的日常生活要时常关注文献，在大量阅读中培养自己的判断力和品味。总体而言，我们在日常扫视文献的过程中可以优先关注各出版社的旗舰综合性期刊；对于某些感兴趣的子领域，一些高口碑的领域性期刊也值得关注。
在阅读文献时，必须时刻保持批判性，仔细检验各证据是否充分确凿、逻辑是否正确无疑。无论是什么期刊，其中文章的错误都多如牛毛，包含基本原理错误、实验设计错误、逻辑演绎谬误、乃至最基本的文字书写错误等方方面面，若不保持火眼金睛，极易受到误导。此外，对期刊的优先选择全是为了提高效率、避免大海捞针，而不意味着可以忽视不知名期刊中有价值的工作。当发现了感兴趣的方向，进行文献调研时，需要做到事无巨细，但以研究内容而论，不被期刊名头所欺。
在选择期刊进行投稿时，在大量阅读的基础上，应可以判断自己的工作适合何种期刊的风格。出于提高工作知名度的目的，可以优先选择综合性期刊；而领域内的经典期刊也是十分合适的选择。许多人只图发表在高影响因子的综合性期刊上，对领域性期刊不屑一顾，这是没有判断力的表现。作者还记得自己在欧洲求学时，导师作为德国首屈一指的教授，投稿时专挑内容匹配的领域性期刊，反而不把综合性期刊放在眼里，皆是由于深知内容为王，期刊只是在装点门面而已。
期刊的简写
每个期刊都有自己的简写，可以在https://cassi.cas.org/search.jsp查找。以查找Journal of the American Chemical Society的简写为例，输入全称，搜索后找到命中条目，即可知道它的简写是J. Am. Chem. Soc.。
期刊文章页面的结构
期刊论文分为正文(main text)和支持信息（SI, Supporting Information，也有的期刊叫做Supplementary Materials或其他名字）两部分。正文阐述了研究工作的主要发现和核心数据，SI则包含所有相关数据，特别是操作方法、原始数据、单晶文件、视频影像等一切别人重复所需的信息，以及用作辅助主线讨论的补充性说明。SI对于文章的可重复性极为重要，遗憾的是部分期刊没有SI，此外对于一些要求有SI的期刊，20世纪的一些老文献也可能没有SI。有的期刊要求实验方法在正文中写明，但细节仍可能呈现在SI里。
大部分期刊论文的SI部分开放免费下载。ACS期刊的页面有Supporting Information板块：
RSC期刊页面有Supplementary files板块：
在文章页面会展示标题、作者、摘要（Abstract）、Table of Contents (TOC)。在摘要中，作者用100-400字（根据期刊要求不同）展示了文章的核心发现，方便读者筛选是否感兴趣。TOC是一种“摘要图”，用简明的方式图形化展现核心要点。以Wiley为代表的出版商旗下期刊还会额外提供更加精简的摘要，意在用一句话的形式描述主要亮点。
作者栏展示了文章的所有作者。通讯作者（Corresponding Author）经常位于作者列表的最后，用星号标记，表明是这项研究的负责人。其余作者按照贡献大小排列，依次是第一作者、第二作者等。有时，在文中会标记作者列表中的某几位贡献相当，同为共同一作。在所有作者中，第一作者和通讯作者最为重要，被视为是最主要的贡献人。通讯作者会留下自己的联系方式，需要负责此文章后续引发的一切事宜。当读者对文章内容有疑问，可以给通讯作者发送邮件，通讯作者有进行解答的义务。
ORCID号是作者的唯一标识符，在期刊网站上显示为作者名字旁边的绿色圆形符号，内有白色的“iD”字样。点击此符号后，可以跳转到相应作者的ORCID页面，列出了与此作者关联的发表工作。例如，上述OCF文章第一作者的ORCID页面如下：
期刊文章被接收后，需要一段时间由出版社安排版面、最终获得卷数、期数和页码。在此之前，出版社可能会将已接收但未安排页码的手稿公开在网站上，这被称为ASAP (as soon as publishable)。也有的期刊（如WIRES）完全采取电子出版模式，没有页码。无论是否有页码，每个期刊文章都有DOI号作为其唯一索引，其格式为斜线分隔的两部分。一旦知道DOI号，可以通过doi.org/xxxxx访问（其中xxxxx为DOI号）。例如，上图中的OCF文章的DOI号为10.1039/D5QO00473J。
期刊文章有传统付费制和Open Access（OA）两类。有的期刊作为OA期刊，其上所有文章都遵循OA模式（如ACS的全部Au系列期刊；RSC Advances; Nature Communications等）；也有的期刊允许作者自由选择付费制度。传统付费制下，作者发表不收费，读者需支付费用，或由机构承担；OA制度下，作者支付版面费，读者免费阅读。OA期刊常被诟病为出版社敛财的手段；与之相反，在传统期刊上自愿付费OA的作者则是可敬的。
OA文章在打开页面后可以直接阅读。对于非OA文章，如果你使用了订购了该期刊的机构IP地址，通常可以在打开页面时直接显示内容。对于2022年之前的文献，如果你没有订购，可以使用Sci-hub访问。Sci-hub是可敬的Alexandra Elbakyan女士创建的文献免费查看网站，她通过主动承担侵犯出版社著作权的法律责任（值得一提的是，期刊文章的著作权不属于作者，而是属于出版商），帮助了无数科研工作者绕开负担不起的期刊订阅费用。我们只需找到文章的DOI号，然后访问http://sci-hub.st/xxxxx，其中xxxxx为DOI号即可。很多情况下，也可以直接在文章地址前加入sci-hub.st。例如，以下是https://sci-hub.st/https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ol801673r 的访问结果：
预印本
预印本（Preprint）提供了同行评议期刊之外的另一条展示最新研究的道路。预印本论文遵循科学论文的全部要求，如数据和SI完整可重复、呈现清晰且遵循科学论文格式等，唯独尚未经过同行评议，直接公布在受到认可的预印本网站上。化学领域最重要的预印本平台是ChemRxiv （https://chemrxiv.org/），其他领域的预印本平台有arXiv、bioRxiv等。预印本公布后，有DOI号，内容可以进行更新，当然每个版本都会被记录在案；也可以用于向期刊投稿。
ChemRxiv的页面形式与期刊相似，展示标题、作者、摘要、DOI、SI等，所有内容免费浏览和下载。在文章页面内的Metrics栏目会统计浏览、下载和引用量。引用预印本文章时，由于没有页码，需要使用DOI引用。在License一栏展示了文章的许可证；许可证制度来源于开源软件，规定了是否可以传播、修改、是否需要标注出处等。
在ChemRxiv投稿后，会经过1-2工作日的审核，以排除明显不属于科学论文的投稿，随后即被更新在网站上。由于同行评议流程可能需要几个月到一年的时间，关注ChemRxiv上的高质量最新工作是获得最新资讯的好方式。
预印本体现了学术研究社群向开放、自由的过渡，为大众提供了免费获取最新研究成果的方法，对研究者则提供了展示最新研究的快捷渠道，并弥补了同行评议机制的不足。由于预印本文章不位于传统评价体系内，我们需要向以预印本形式公开成果的研究人员致以敬意。在理想的学术社群中，同行评议不再像传统期刊模式那样由两三个人秘密进行，并将出版的文章固定化、资本化，作为研究人员争夺资源的依据和出版商谋取利润的工具；取而代之地，研究成果应当被所有人可以轻易获取，并时刻接受每一个人的检验，不受任何个别人的背书所影响；这些检验、评论同样应当实时开放给每一个人。预印本平台可以视作向这一理想迈出的第一步。
Pubpeer
Pubpeer (https://www.pubpeer.com/) 是对已发布论文进行公开评论的平台，收录了几乎所有文献，任何人都可以以匿名账号的形式发表评论。其中最引人注目的是相当多的评论涉及对数据真实性的担忧，使得Pubpeer成为了揭露学术不端行为的重要场地。
Pubpeer作为民间非盈利机构，对期刊和作者不具备强制力，但发布在Pubpeer上的公开评论无疑会对后人起到帮助，对学术研究的公开透明化起到了重要的推动作用。
引用
科学研究者在进行交流和写作时要做到每句话必有出处。出处若不是自己产生的数据或推论，就要引用（cite）来源。引用（citation）一方面是为了读者能够找到来源，一方面也表达了对被引用人的感谢，因此同时是科学上和道德上的义务。在一篇论文的Introduction部分，往往要引用大量相关研究作为背景介绍，此外在讨论时一旦用到别人的数据或观点，也必须引用；使用的软件、工具、方法等，也无一例外要按照提出人的要求进行引用。
引用有格式要求，随期刊不同。化学领域期刊总体上要求在将引文用有序列表的形式放在文章结尾的References部分（老式期刊可能会放在页面下方），并在正文每次提及处对相应引文序号进行标注。以下是一篇JACS上的综述（J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 13463−13472）的部分引文列表。
尽管不同期刊的引文格式要求不同，但都需要包含足够让人检索到这篇文献的信息。对于期刊论文，需要包含作者、期刊、年份、卷数、期数（如果有）、页码等。例如，上图的引文（2）是P. A. Frey作为第一作者（ACS引文格式采用姓在前、名称只使用首字母的方式），G. H. Reed作为另一个作者、发表在ACS Chem. Biol.第7卷第1477-1481页的文章，标题为The Ubiquity of Iron。有的期刊的引文中不显示标题。对于预印本、ASAP文章等只有DOI的情形，则需要给出作者和DOI。
这些引文可以使用以Endnote为代表的文献管理软件自动生成、转换格式，我们会在另外的文档中介绍。
除了期刊文章外，我们经常需要引用网站、程序等。在绝大多数情况下，作者已经在网站、程序手册等明确写出了希望如何被引用。例如，可视化软件CYLView的网站上明确写出了如何引用：
如果没有发现作者写明如何引用，则需要联系作者，切不可自以为是随便引用一气。对于无法找到作者的网页，我们在引用时，需要标明作者、标题、网址，以及访问时间。
SI中同样需要引文。在SI中进行的引用不会被数据库记录，因此也无法计入被引用人的被引次数中，这对于被引用人并不公平。因此，我们建议在SI中引用的文献同样要在正文中引用一次。
在日常交流、制作PPT等时，引文可以不很讲究，但一定要能让别人检索到、且前后引文格式统一。
Google Scholar
Google Scholar (https://scholar.google.com/ )几乎是最重要的文献搜索方式。尽管有的人习惯使用Web of Science、Reaxys等，但免费的Google Scholar足以覆盖日常用途。
它的使用方法与常规搜索引擎无异，适用于按照关键词搜索领域、按照作者找发表文章、以及按照引用方式进行精确搜索等。以下是一个关键词搜索的例子，目的是找到Fremy's salt的还原电势。在左侧，可以设置时间范围、是否按照日期排序等。
为了快速入门一个领域，搜索综述是很好的方法。我们可以在关键词后面加入review，或Chem. Rev.等重要的综述期刊的名字：
输入引用或DOI后，也可以直接得到对应文献：
点击“引用”，弹出GB/T 7714、MLA、APA格式的引用方式。这些格式都很少用于化学领域文章书写，但足够用于日常交流。点击BibTeX等，可以下载可被文献管理软件读取的引用信息。
点击“被引用次数”，可以查看引用了此文章的文献。进而帮助我们快速获得相关研究：
当然，我们也可以进行姓名搜索，找到一个人的全部发表内容。例如，搜索Donald Truhlar后，点击“Donald Truhlar的个人学术档案”，可以得到丰富的统计信息。当然，在使用Google账号登录后，你也可以点击右上角“我的个人学术档案”，编辑自己的信息。
Perplexity
近年来基于AI的文献搜索工具层出不穷。大语言模型几乎不能直接用于文献检索：它们有严重的AI幻觉，几乎总是会给出编造的文献。但利用大语言模型的对话能力，许多人开发了专用的检索工具。在这里我们介绍Perplexity （https://www.perplexity.ai/）。
Perplexity使用自然语言对话的方式，会给出经过组织的答案和来源。以寻找卤键催化领域的重要综述为例，它给出了Chem. Rev.、JPCA等上的综述以及一些代表性的研究文章。点击引文标号，可以自动跳转到原文；也可以点击“来源“查看。
不能期望AI工具给出完整的领域信息；但当你对这个领域尚不了解时，AI选取的个别几篇代表性工作可以成为你的指路灯。应该采取的方式是将AI给出的文献作为切入点，通过在Google Scholar上查找引用/被引用的脉络、查找这些文献中的关键词等方式获得完整的信息。
Reaxys
Reaxys是Elsevier推出的检索工具，是最方便的化合物和反应数据库，可用于搜索给定结构的表征信息、合成及相关反应。
登录Reaxys后，有一个搜索框，可以找文献、化合物名称、CAS号等。例如，输入四苯基卟啉的CAS号917-23-7，Find后可以找到4个化合物，点击进入列表页面后查看详细信息：
虽然CAS号和化合物是一一对应的，但还是搜到了多个项目。这是因为Reaxys是自动化收集了海量文献，不同来源处识别出的结构和名称可能略有不同，例如上图中第二个条目的一个双键被识别成了未规定顺反。
点击Physical Data，可以看到熔点、密度、升华情况、晶体结构等信息，及相应引文。点击Full Text，会在新窗口中跳转到原文。
在Spectra中，有各种光谱报道及原文。
点击Preparation，可以找到大量合成反应和相应的条件、产率和原文。注意从文献中自动识别出的条件不一定准确，需要进入原文确认。
在页面左侧，可以对反应条件进行筛选。例如，如果只想找DCM中的反应，可以选择Limit to dichloromethane：
如果要返回上一页，不能用浏览器的返回按钮，而是要在页面左侧的目录层级中点击上一级。在这里，我们点击”209”下方的“4”，回到化合物列表。
在Reactions里，则收录了该化合物参与的各种反应，包括以它作为产物和作为底物的反应。
当然，除了按照名称或CAS检索，也可以绘制结构检索。在Query Builder里，进入绘制结构界面，使用方法与Chemdraw非常相似。
Reaxys的结构绘制与Chemdraw相比有几个不同点。与Chemdraw不同，Reaxys无法直接输入文字，但可以通过右上角的缩写输入功能快速绘制常见基团：
类似地，如果要输入元素符号，点击界面右侧的元素周期表按钮进行选择。
利用图标为A的按钮，可以插入特定的取代基模式。其中A、Q、M、X、H分别表示任何原子、杂原子、金属、卤素、氢原子。例如，在二苯基膦氧的一个对位放置A，可用于查询此处带有任意取代的结构：
在界面右侧，可以选择As drawn精确查找、或As substructure进行子结构查找。当使用A、Q、M、X等指定取代模式时，请使用精确查找，这时放置的标记会被自动识别。在其他对取代基方式不限制但允许取代基存在的情况下，可以选择子结构查找。若使用Similar，则Reaxys会用一套算法评估各分子与目标分子的相似度并按照相似度排序给出。在下方可以勾选是否包含互变异构体、光学异构体、盐类、同位素、自由基等。绘制界面无法绘制电荷，因此在查找离子、盐类等时是通过勾选Salt、Charges等进行的。例如，对上述对位A取代的二苯基膦氧进行精确查找，可以得到12个目标结构：
点击界面左侧的+/箭头按钮，可以绘制反应。在屏幕中单击可以产生一个加号，拖动则可以得到箭头符号。以搜索二苯基膦氧的甲基化为例，绘制完成后点击Reactions按钮，可以得到6个反应。
=
在系列反应中，我们经常需要找到某个反应物的合成方法。这不需要重新绘制它的结构并检索，只需点击结构下方烧瓶图标的按钮，再点击Find preparations，即可跳转到该化合物的合成。