程序主页:https://github.com/RimoAccelerator/ORmagiCA
简介
由于免费、高效的特性且支持大量先进方法,ORCA日渐成为了量子化学研究中不可或缺的工具。尽管ORCA的输入输出文件结构并不复杂,但由于缺乏一款杀手级的图形化工具,使用ORCA的工作流仍然让人疲惫,经常需要在不同软件之间来回切换、不得不反复复制提取各种文本信息。Sobereva开发了OfakeG(OfakeG:使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元),可以将ORCA输出文件转换为Gaussian的.log
文件格式,从而让GaussView读取;但手动调用OfakeG、用GaussView打开生成的.log
文件的多步操作仍然繁琐,而且在GaussView里建立好模型后想转化成ORCA输入文件仍然要手动复制坐标。
ORmagiCA的作用就是彻底打通工作流,让用户能够用GaussView一个软件搞定大部分与ORCA相关的操作,使用户获得如同用GaussView处理Gaussian输入输出文件一样的畅快感受。
ORmagiCA是一个基于Autohotkey 2的桌面助手。在安装Autohotkey 2后,双击ORmagiCA.ahk
文件即自动在后台运行。我们也可以把它加入到启动项中。
1. 初次使用的设置
ORmagiCA需要调用GaussView和OfakeG的可执行文件。初次使用时,需要先设置它们的位置;随后,它会生成一个ORmagiCA_settings.ini
文件记录设置信息,以后就会自动读取。
设置方法为:
首先打开GaussView,然后按下组合键Ctrl+Shift+D,召唤设置对话框。然后将相应路径填写进去即可。当鼠标点击别的地方时,这个对话框自动隐藏,随时可以通过相同方法召唤。这个组合键仅在GaussView激活时生效,不会影响到其他程序。
在路径下方,还有一个“关键字预设”列表,在第(4)部分会介绍。

2. 载入ORCA输入/输出文件
在资源管理器中选中ORCA输出文件(.out
)或输入文件(.inp
),按下组合键Ctrl+Shift+G,ORmagiCA就会被唤醒。
- 对于
.inp
文件,它会直接读取并载入到GaussView里;
- 对于
.out
文件,它会调用OfakeG进行格式转换再载入。
这些转换过程都会在当前目录首先生成一个以_fake.gjf
或_fake.log
结尾的中间文件,等待GaussView打开后自动删除。
无论是.inp
还是.out
文件,ORmagiCA都会识别其中的电荷、自旋多重度、nprocs
并行设置、memory
内存设置(自动换算成Gaussian的%memory
)、关键字(以!
开头)、其他以%
开头的选项。由于GaussView无法预览带有斜线的关键字,诸如def2-SVP/C
等中的斜线会被替换成问号。以%
开头的选项会被统一放在“Additional Input”里。

3. 保存ORCA输入文件
当且仅当正在打开的窗口是GaussView时,ORmagiCA会重载组合键Ctrl+Shift+S,用于将当前分子保存成ORCA输入文件(.inp
)。按下这一组合键,选择文件名(以.gjf
结尾)后,GaussView保存.gjf
文件,ORmagiCA随即介入,将其转化为同名.inp
文件,并删除中间体.gjf
文件。这一转化相当于(2)中读取过程的逆过程:电荷、自旋多重度、nprocs
、maxcore
、关键字写法等都会自动转换。
4. 关键字预设
ORmagiCA的一个特色功能是关键字预设。
按下组合键Ctrl+Shift+D召唤设置对话框,底部的ORCA关键字列表带有一个默认值“No change”。选择此项,则保存输入文件时遵循(3)中的逻辑,关键字与GaussView内预览的相同。
我们经常需要将opt freq
的最终构型转化为带有特定关键字的进一步任务,关键字预设就是为了应对这种场合。通过最底部的文本框添加关键字,在列表中选中,然后在别的地方点击一下隐藏掉设置窗口,接下来保存.inp
文件时,无论GaussView内预览的关键字是什么,保存出来的都会是在设置窗口里选中的关键字。
当然,如果你想切换回默认模式,可以随时将选择项改成“No change”。
这些设置同样会保存在ORmagiCA_settings.ini
里,不需要每次启动时都输入。


5. 引用
如果你的工作流中使用了ORmagiCA,欢迎引用Github页面,也很欢迎向更多人推荐Sci-lib论坛:
Yumiao Ma. KST48: ORmagiCA: A desktop helper to adapt GaussView with ORCA. https://github.com/RimoAccelerator/ORmagiCA, accessed on xxxx.xx.xx.
效果视频:ORmagiCA : 打通GaussView与ORCA之间的工作流