最近,论坛上的一篇帖子 单晶中靠自由基-芳环相互作用稳定的羟基自由基??? 引发了我的兴趣。在这篇JACS Au文中,作者在乙醇溶液、空气条件下让取代的水杨醛和丙二腈反应,生成了一类DCP自由基。这种自由基会直接沉淀,而滤液再缓慢蒸发,则会得到另一种晶体,被作者指认为DCPH和羟基自由基的共结晶产物。

作者对此的主要证据包括:单晶的差分傅里叶(作者认为)表明OH周围只有一个H;晶体呈现EPR活性;晶体与TEMPO、DMPO等自由基捕获剂放在一起能够通过质谱(对于DMPO是EPR)检测出OH自由基加合物;晶体可以用于某些需要活性氧的反应,且活性高于过氧化氢等。
此工作如果属实,不免令人啧啧称奇。这是因为OH自由基众所周知具备相当高的反应活性,难以生长在单晶中。更何况,无论是晶体还是溶液,都充满了能让OH自由基发生反应的东西:活泼氢、可以加成的pi体系等。作者将这个晶体的存在归结为OH自由基与相邻结构的氢键、自由基-pi相互作用等的共同贡献,但这真的足以稳定这么一个高度活泼的物种吗?另外,我们还会对如下事实感到奇怪:明明是从乙醇溶液里重结晶,乙醇的C-H比水的O-H容易攫取得多,为什么偏偏结晶过程中是攫取混入的微量水的O-H生成了OH自由基,而不是和乙醇反应生成乙醛?这些都促使我们不得不进行深入思考。
接下来,就让我们仔细检查一下这篇文章。
单晶结构中的DCPH真的是DCPH吗?
在搞懂单晶中的“OH”是什么之前,让我们先来验证其他部分的指认对不对。以下是作者提供的晶体结构,OH自由基位于1个芳环的正下方,并与一个相邻氨基形成氢键,同时作为氢键给体与另一分子的氰基有一定相互作用。从几何结构来看,DCPH中间的苄基碳原子明显偏离平面,符合DCPH而不是DCP的特征。

在M06-2X/TZVP水平下,对DCPH、DCP、以及DCPH在N-上被攫氢生成的自由基DCP(N)进行结构优化,与单晶对比:

主要观察C-NH2,键长以及氨基邻位和对位的C-C键键长。在计算结果中,DCPH与单晶结构符合良好;DCP自由基接近平面型,显然不符合测出来的晶体结构。而N-自由基DCP(N)虽然是非平面,但键长也不符合晶体结构数据。因此,文中报道的晶体中有机部分可以确定是DCPH。
DCPH中关键化学键的键能如何?
DCPH中存在多种可能与OH自由基反应的位点,其中最主要是苄基C-H键和氨基N-H键。原文作者假设,这个晶体的生成过程中DCP自由基的碳原子攫取水的氢原子,这也涉及到C-H键能的问题。以下是在M06-2X/def2-TZVP//M06-2X/TZVP水平下得到的DCPH和水的关键键解离自由能:
DCPH → DCP + H ΔG = 71.9 kcal/mol
DCPH → DCP(N) + H ΔG = 95.4 kcal/mol
HOH → OH + H ΔG = 108.5 kcal/mol
显然,DCPH相关化学键比水中的化学键弱得多。在热力学上如果想发生作者建议的过程,则晶体至少要能为OH提供36.6 kcal/mol(这还仅仅是考虑到氢原子转移,而没有考虑加成反应或其他副反应)的稳定化;而且这仅仅是个热力学的考虑,实际上必然还需要更多稳定化能来确保结晶动力学过程中OH能以足够寿命存在。
DCPH能提供如此多的稳定化能吗?

从晶体结构中抽取了包含一个OH自由基和4个DCPH分子的团簇。这些DCPH从前后左右上五个方向将OH团团围住,可以认为包含了足够多的可能和OH相互作用的位点。为了表现晶体结构,在构型优化时固定了所有DCPH分子末端NEt2氮原子的位置。
为了衡量这个框架结构能给OH带来多少稳定化作用,分别对整体和(DCPH)4框架进行M06-2X/def2-TZVP单点计算,以气相OH作为能量零点,得到的稳定化能为:
(DCPH)4 + OH → Cluster ΔE = -17.7 kcal/mol
把OH塞进这个框架里只能带来17.7 kcal/mol的稳定化能,远远达不到我们上面的估计。这样一来,这个结构在热力学上一定是不稳定的。
另外,为了进一步知道某些单独的相互作用能带来多少稳定化,还抽取了较小的团簇。例如这个表现自由基-pi作用的团簇Cluster_pi:

它所提供的稳定化能由以下反应的电子能量变化定义:
DCPH + OH → Cluster_Pi ΔE = -5.4 kcal/mol
所有氢键作用可以由3个DCPH构成的Cluster_HB描述:

(DCPH)3 + OH → Cluster_HB ΔE = -13.8 kcal/mol
因此,从团簇的角度来看,这些相互作用远远无法为OH提供足够的稳定化能力。
那么,有没有可能是包含OH的团簇虽然热力学不稳定,但动力学稳定呢?由于晶体结构中OH与DCPH的氨基氢原子形成氢键,让我们看一下OH沿着这根氢键攫取DCPH氨基氢的能垒:

过渡态结构见上,能垒只有7.2 kcal/mol耶!看来“动力学稳定”的假说也不太站得住脚了。
晶体中呢?
虽然使用团簇的计算告诉我们DCPH团簇无法有效稳定OH,但还有一种可能是晶体特有的某些堆叠效应做出了决定性的贡献。使用CP2K结合PBE-D3BJ/MOLDZVP-MOLOPT-SR-GTH和r2scan/DZVP-MOLOPT-SR-GTH水平和222的k点,从晶体结构的211超晶胞出发进行构型优化,结果发现,保持存在OH、没有发生氢原子转移的结构根 本 优 化 不 出 来!这个结构根本不是势能面上的极小值点,而是会立刻发生氢转移,生成水和DCP(N)。

以r2scan泛函的结果为例,三个“OH”无一幸免。
重新审视实验结果
根据上述结果,可以判断DCPH和OH自由基无论是团簇里还是在晶体里都无法有效共存,并且很容易生成DCP(N)。但我们已经判断出了晶体中的有机物确实是DCPH,因此,足以高度怀疑,晶体结构中的“OH”不是羟基自由基,而是水,是单晶解析时少指认了一个H!
虽然我并不熟悉晶体解析,不过坛友 @世界人民大团结 也在先前的讨论中指出“差傅里叶里面0.914700 0.896400 0.441800位置应该是个氢 也就是说作者指认的·OH更像是个水”。如果他说得有理,则与上述推论完全一致。
那么,如果这只是一个平平无奇的水合晶体,为什么还能有EPR信号、还会与OH捕获剂反应呢?
关于EPR
由于我怀疑孤立的OH自由基是否会产生如同正文图中那样的单峰(而不是被H裂分),我决定仔细观察作者给出的晶体的EPR图:

作者没有提到对应的g因子是多少。
再让我们翻到SI的Figure S1,这里是作者给出的DCP自由基的EPR图形:

看起来似乎有点相似。但不知出于何种原因,这两张图的x坐标尺度不同,导致我们无法直接对比。总而言之,由于谱图质量不佳(严重展宽)且横坐标不统一,根据EPR无法判断自由基的归属,有可能“包含OH的自由基”的EPR谱图仅仅是因为混入了一部分DCP自由基。这可能是因为不小心混入,也可能是因为样品本身就具有异质性,是多种晶体的混合物,用去测量单晶的仅仅是其中一种。
关于捕获实验
遗憾的是,作者在SI里并没有给出捕获实验的细节。而为了验证捕获实验的有效性,我们必须知道它是在有氧还是无氧环境下做的、有无除水、是否进行了避光等。我的一个猜想是,混入的DCP自由基(或者它歧化产生的类醌物种)在样品制备过程中受到光照,产生了足以氧化水的激发态,从而产生了OH自由基;又或许是空气中的氧气在氧化DCPH时产生的活性氧物种最终生成了OH自由基。
综上所述,我们可以得出结论:
实验报道的“包含OH自由基”的晶体高度可疑,可能只是DCPH和水的共结晶,且成分可能具有异质性。计算表明原文主张的“包含OH自由基”的晶体无法存在。EPR证据无法有效证明OH自由基的存在。观察到的类OH反应性可能是由于杂质、操作过程中发生的其他反应所致。为了进一步验证文中结论,至少以下实验是必要的:
- 在严格无水无氧、避光条件下对“含OH的晶体”进行自由基捕获实验。
- 对各种晶体更加精密的EPR测量。
- 在自由基捕获实验中加入已经确定的DCP晶体,观察捕获量与DCP自由基浓度是否相关。